Um dos principais desafios do terceiro setor é o seu financiamento. Para receber recursos públicos, é necessário comprovar a idoneidade financeira e fiscal da entidade, além de fazer a prestação de contas. No caso de recursos privados, são exigidas certas contrapartidas e, muitas vezes, as demonstrações financeiras precisam ser aprovadas por auditores independentes. Em uma ou em outra modalidade, a contabilidade deve se fundamentar em dados concretos, fidedignos e muito bem organizados.

Além disso, as organizações sem fins lucrativos precisam comprovar que permanecem aptas a manter a isenção de impostos. Daí a necessidade de uma escrituração contábil e fiscal regular, de qualidade e com informações que atendam a todos os usuários, em especial aqueles que as financiam.

O terceiro setor conta ainda com regras contábeis específicas. Não existe lucro ou prejuízo, e sim déficit ou superávit. As isenções ou imunidades precisam ser quantificadas para que sejam apontadas as contrapartidas a ser entregues pela entidade. Em caso de superávit, este não pode ser distribuído aos associados, mas sim reinvestido. Já a remuneração de funcionários precisa ser registrada, para atender ao controle fiscal. E o trabalho de voluntários também deve ser valorado e registrado, assim como os bens recebidos em doação.